Jurusan Matematika memiliki 3 Laboratorium penunjang proses perkuliahan.
1. Laboratorium Dasar Matematika
Katua Laboratorium : Dr. Mohammat Fatekurohaman, S.Si., M.Si.lab_dasar1_kecil
Teknisi : Yoyok Yulianto

Fasilitas Laboratorium :
PC 32 Unit
Jaringan LAN dan WAN di Universitas Jember
LCD XGA Projector
Speaker Sound System
2 Unit AC 2 PK

Wifi Free untuk Mahasiswa dan Dosen Aplikasi yang tersedia di Laboratorium ini selain Windows 7 dan Office 2007 (campus agreement) juga ada beberapa aplikasi matematika : Matlab, Maple, Matcad, R, SPSS, S-Plus dan Mathematica. Juga ada beberapa aplikasi penunjang lainnya seperti : AutoCad, FreePascal, Borland Delphi, Dreamwaver, MySQL Server dan Macromedia Flash.

Laboratorium melayani praktikum beberapa mata kuliah seperti: Matematika Dasar (Semua Jurusan di FMIPA), Geometri Rancang Bangun, Persamaan Diferensial Biasa, Manajemen Data, Pemodelan, Statistika Dasar, Metode Statistika Linier. Juga melayani Penelitian dan Pengabdian dosen seperti Hibah Bersaing atau yang lainnya. Untuk Pengabdian juga pernah melakukan kerja sama dengan Persatuan Guru Matematika dan Pemda Kabupaten Jember.

2. Laboratorium Matematika Terapan dan Komputasi
Ketua Laboratorium : M. Ziaul Arif, S.Si., M.Sc.lab_komputasi1_kecil
Teknisi : Yulihantoro

Fasilitas Laboratorium :
10 PC Unit
Printer LAN
Jaringan LAN dan WAN
Free Wifi untuk Mahasiswa Tugas Akhir
Katalog Skripsi Mahasiswa (Senayan)

Laboratorium komputasi juga sebagai tempat mahasiswa yang akan menyelesaikan tugas akhir. Beberapa aplikasi disediakan di sini, aplikasi matematika seperti Matlab, Maple, MathCad, R dan aplikasi pengetikan seperti Microsoft Office atau OpenOffice sebagai syarat pembuatan jurnal ilmiah mahasiswa. Sama seperti Laboratorium dasar, komputasi juga melayani untuk penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.

3. Laboratorium Statistika
Ketua Laboratorium : Dian Anggraeni, S.Si., M.Si
Teknisi : Yoyok Yulianto dan Yulihantoro

virtual_RLaboratorium ini melayani konsultasi bidang statistika, beberapa aplikasi yang digunakan di laboratorium ini diantara lain : SPSS, Minitab, S-Plus dan R. Dan yang terakhir bekerja sama dengan UPT TI Universitas Jember membangun mirror untuk library R dengan alamat situs cran.unej.ac.id yang Indonesia baru tersedia 2 di Indonesia yaitu BPPT dan Universitas Jember. Salah satu dosen Laboratorium Statistika Prof. I Made Tirta mengembangkan Pondok Statistika dengan menggunkan server shiny  dan R yang memudahkan interaksi penggunaan R yang berbasis web. Dan didalamnya terdapat beberapa simulasi statistika, juga penggunaan Latex dan MathJax untuk web. Belajar statistika dengan R tidak perlu lagi dengan memiliki aplikasi R di desktop atau komputer pengguna.

4. Laboratorium Geometri Rancang Bangun
Ketua Laboratorium : Ika Hesti Agustin, S.Si., M.Si
Teknisi : Yoyok Yulianto dan Yulihantoro